金稅工程是增值稅乃至新稅制的“生命線”。實施金稅工程至少有以下幾個方面的意義：
第一，實施金稅工程有利于稅務(wù)部門加強(qiáng)對增值稅的控管，可以有效地打擊和遏制增值稅專用發(fā)票的犯罪。１９９４年稅制改革以來，增值稅專用發(fā)票方面的違法犯罪行為一直是困擾我國財稅工作的一大難題。幾年內(nèi)，全國范圍內(nèi)先后連續(xù)出現(xiàn)了一些虛開、代開、偽造增值稅專用發(fā)票的經(jīng)濟(jì)犯罪，不僅擾亂了正常的經(jīng)濟(jì)秩序，而且給各級國稅部門的稅收征管工作在成了很大的壓力，下大力氣防范和解決增值稅違法犯罪行為已迫在眉睫了，根據(jù)我國目前的現(xiàn)狀，全面實施金稅工程是較為理想的選擇，一方面，通過推廣增值稅防偽稅控系統(tǒng)，解決增值稅專用發(fā)票假票問題，另一方面，通過在全國范圍內(nèi)建設(shè)增值稅稽核系統(tǒng)，可以有效杜絕’真票假開’等增值稅專用發(fā)票犯罪行為，從而為稅務(wù)部門管住、管好增值稅創(chuàng)造了有利的條件。
第二，全面實施金稅工程可以有效地防范和遏制腐敗行為，有利于加強(qiáng)隊伍建設(shè)和推進(jìn)依法治稅。金稅工程網(wǎng)絡(luò)建成后，通過金稅工程的主干網(wǎng)絡(luò)和各相關(guān)子系統(tǒng)，上級國稅機(jī)關(guān)可以對下級國稅機(jī)關(guān)貫徹落實稅收政策、依法征稅等行為進(jìn)行及時、全面的監(jiān)督和制約，能有效保證稅務(wù)執(zhí)法的公正性，防止發(fā)生腐敗行為，從而保證稅收執(zhí)法的透明度和公正性，有利于加強(qiáng)隊伍建設(shè)，對依法治稅將起到積極的推動作用。
第三，實施金稅工程有助于稅務(wù)部門提高工作效率、提高稅收征管質(zhì)量。金稅工程網(wǎng)絡(luò)建成后，全國國稅系統(tǒng)將在內(nèi)部架起一座信息高速公路，稅收征管勢必從手工作業(yè)向信息化作業(yè)發(fā)展，依托現(xiàn)代信息技術(shù)和網(wǎng)絡(luò)技術(shù)，改造傳統(tǒng)的稅收征管，一旦建成全國性的稅收征管網(wǎng)絡(luò)，稅務(wù)部門的決策過程將更加科學(xué)、正確，稅收執(zhí)法將更為透明、規(guī)范，稅收監(jiān)控將更為及時、有力，稅務(wù)部門的工作效率和質(zhì)量將會大大地提高。同時，隨著金稅工程的推廣，所有的增值稅一般納稅人，也將全面利用計算機(jī)進(jìn)行申報；在繳納稅款方式上進(jìn)一步推行納稅人預(yù)儲稅款、自動扣繳的辦法，并且充分運(yùn)用評稅軟件系統(tǒng)，開展增值稅稽核評稅工作，促進(jìn)納稅申報質(zhì)量的提高。
第四，推行金稅工程有利于企業(yè)加強(qiáng)內(nèi)部管理，提高企業(yè)防范財務(wù)風(fēng)險的能力，保護(hù)企業(yè)的合法經(jīng)濟(jì)利益。首先，實施金稅工程杜絕利用增值稅專用發(fā)票進(jìn)行偷騙稅，可以使所有企業(yè)在同一起跑線上公平競爭。其次，應(yīng)用防偽稅控系統(tǒng)開具增值稅專用發(fā)票可以規(guī)范企業(yè)財務(wù)人員的用票行為，杜絕內(nèi)部人員虛開、代開、開具“大頭小尾”增值稅專用發(fā)票的違法行為。同時也可以幫助企業(yè)規(guī)避外部不法分子別有用心地利用假票騙稅所帶來的財務(wù)風(fēng)險，從而將盡可能地保護(hù)企業(yè)的合法經(jīng)濟(jì)利益。因此，對絕大多數(shù)以誠信為本、守法經(jīng)營的納稅人而言，防偽稅控系統(tǒng)無疑是一把“保護(hù)傘”。此外，就目前實際情況來看，應(yīng)用防偽稅控還有利于提升企業(yè)形象，可以給企業(yè)帶來潛在的經(jīng)營利益。防偽稅控系統(tǒng)能夠保障增值稅專用發(fā)票開具的真實性，這就使得企業(yè)在交易活動中比較容易取得對方的信賴，在市場競爭中也無形中多了一些優(yōu)勢。因此，從這個意義上來說，防偽稅控系統(tǒng)還可以給企業(yè)帶來商機(jī)。